웰빙을 지향하는 사회적 분위기에 따라 최근 전통식품, 향토음식, 농촌체험 등의 수요가 증가하고 있다. 그러나 농가들은 대부분 농산물 유통가공, 농가부업 소득 향상을 위한 세무관리 방안을 잘 알고 있지 못하고 있다.
작물재배업만을 영위하는 농민은 직거래 시 소득세, 부가가치세의 납세의무가 없다. 그러나 상설판매장을 개설해 지속적·영업적으로 판매하면 부가가치세가 면세되는 농산물도 소득세를 납부해야 한다.
한편, 농민이 생산한 농산물이라도 가공여부에 따라 부가세가 과세되거나 과세되지 않는다. 사업자가 국내에서 생산된 농산물·축산물·수산물·임산물을 가공하지 않거나, 탈곡, 정미, 정분, 제분 등 원생산물의 본래의 성상이 변하지 않는 정도의 원시가공을 거쳐 공급하면 부가가치세가 면제된다. 그러나 앙금, 떡, 한천, 묵, 인삼차, 엿기름 등의 가공과, 거래단위로서 포장해 최종소비자에게 그 포장의 상태로 직접 공급하는 김치·젓갈·장류는 면세되지 않는다.
최근 농민들이 홈페이지를 개설해 인터넷으로 판매하는 경우가 많은데, 통신판매업자 등록을 위해서는 사업자등록을 필히 해야 한다.
하지만 농민 등이 사업자등록 시 비과세되는 작물재배업은 표기가 불가해 ‘도매 및 소매’로 표기할 수밖에 없는 상황이다. 인터넷 판매를 하는 농작물 등이 부가세, 소득세 과세대상이 아닐 때에는 농지원부 등 관련서류를 첨부해 혜택을 받을 수 있도록 적극적인 소명이 필요하다. 즉, 판매장을 설치하지 않고 전자상거래 등 통신판매업에 의해 직거래하거나 슈퍼마켓, 백화점, 농협에 직접 판매하는 경우에는 소득세가 과세되지 않는다.
농어민이 부업으로 영위하는 축산, 양어, 고공품제조, 민박, 음식물판매, 전통식품 등 특산물제조, 전통차 제조, 그 밖에 이와 유사한 활동에서 발생한 연간 소득금액 2천만 원에 대해서는 비과세가 적용된다.
6차산업화의 성장을 통한 창조농업으로 희망농업·농촌을 이루기 위해서는 앞으로 농산물 생산·가공·유통, 향토음식의 외식산업화, 농촌관광 등의 농촌자원이 결합된 다양한 농촌의 소득자원 발굴이 중요하다. 현재 이에 맞는 직접적인 농업인 세제혜택은 없는 상황이지만 앞으로 농업·농촌의 특성과 변화에 맞는 세제혜택이 마련돼야 할 것이다.