식물의 뇌 역할을 하는 뿌리에 나쁜 것들이 있다. 농업인들은 흔히 연작장해라고 부른다. 지상부가 잘못돼 연작이 힘든 경우는 거의 없다. 토양에 문제가 생기고 뿌리 생육에 지장을 주는 요인이 많아지면 결국 작물의 품질과 생산량이 떨어지고 연작장해 현상이 나타난다.

▶뿌리를 해롭게 하는 것= 뿌리를 해롭게 하는 요인은 매우 다양하다. 배수 불량으로 뿌리 호흡 불리, 과다 시비 등에 의한 양분 불균형, 다른 식물의 뿌리 성장에 저해하는 타감작용(Allelopathy), 뿌리혹병, 뿌리썩음병 등의 토양병과 토양 수분 흡수를 저해하는 염류집적 등이 있다.

▶농업인이 주의해야 할 뿌리를 해롭게 하는 것= 오래 농사를 지으면서 뿌리를 해롭게 하는 가장 큰 요인은 토양병과 염류집적이다. 

토양병은 악취 퇴비에서 오는 경우가 많다. 비료공정규격에는 대장균, 살모넬라가 불검출돼야 한다는 조항이 있는데, 이는 악취 퇴비에 의한 토양 병균을 예방하기 위한 것이다.

시설재배 농가를 괴롭히는 것 중의 하나가 염류집적이다. 염류집적의 원인은 질산, 염소가 토양에 집적되는 것이다. 

가축분으로 제조한 퇴비에는 염소가 많을 가능성이 있고, 질소가 과다하거나 염화가리로 제조한 무기질비료를 과다하게 사용하면 염류가 토양에 쌓여 뿌리가 정상적으로 자라지 못하게 된다. 그래서 뿌리를 해롭게 하는 원리만 잘 알고 예방하면 항상 좋은 품질과 생산량을 유지할 수 있다.