경기도가 수원에 있는 농촌진흥청의 지방이전을 적극 반대하고 나섰다. 경기도는 지난 연말 농촌진흥청 등 도내 6개 농업 관련 연구기관의 지방이전 계획이 확정 발표되자 지난 1월 8일 김문수 지사 명의의 성명서를 발표하고 농촌진흥청의 이전계획 철회를 요구했다.
농진청 이전과 관련, 김문수 경기도지사는 경기도 수원의 농촌진흥청 터전은 일찍이 1795년 정조대앙 시대부터 수리시설인 만석거, 축만제(서호), 만년제 등을 축조, 농업기술개발의 선도지로 가꾸어 온 점에 비추어, 역사 정체성을 지키는 차원에서 농촌진흥청을 존치시켜야 한다고 주장했다.

또한 농촌진흥청은 통일 대비 국토의 중간에 위치한 점을 감안, 한국 농업과 농·생명과학의 국가 경쟁력을 현저히 약화시키는 결과를 초래할 것이라고 역설했다. 
정부 발표에 따르면 경기도 수원에 있는 농촌진흥청과 국립농업과학원, 국립식량과학원, 국립원예특작과학원, 국립축산과학원, 한국농업대학 등 6개 농업관련 연구기관이 2012년까지 지방으로 이전하게 된다.
한편 농촌진흥청의 지방이전에 대해 농업전문가들은 “특히 다년생 작물인 과수는 토질과 기후가 다른 지역으로 이식시킬 경우 수원에서 오랫동안 연구·축적해온 데이터와 자료의 활용에 큰 차질이 올 것으로 우려했다.
또한 농업인재를 양성의 산실인 한국농업대학의 경우 수도권 우수 외래강사 초빙에 차질을 빚을 수 있다는 점을 걱정하기도 했다.