농촌진흥청은 과수화상병 발생 예방과 확산 차단을 위해 예찰·방제 개선방안을 마련했다.
먼저 예방약제에 석회보르도액을 추가하고, 특별관리구역으로 지정된 과수화상병 발생지역에는 사전 약제방제를 3회로 확대했다. 과수화상병 발생 시 과수농장 단위로 진행한 기존 방제작업을 올해부터는 발생지역, 완충지역, 미발생지역 등 권역별로 구분해 선택적 방제가 이뤄진다.

과수화상병 손실보상금의 지급기준 단가도 10a(1000㎡)당 재배주수 단위로 세분화했다. 이에 따라 사과의 경우 10a당 최소 37주, 최대 150주이며 배는 10a당 최소 25주, 최대 83주를 기준으로 한다. 단 재배주수가 단가 최고주수(사과 150주, 배 83주)를 넘는 경우의 손실보상금 지급기준액은 단가 최고주수로 10a당 산정한 금액 한도 내에서 지급한다. 

과수화상병이 발병한 과수원의 관계자가 병 확산을 막기 위해 나무를 뽑아낸 뒤 매몰하는 등 방제작업에 지출한 비용 지급 기준도 달라진다. 기존에는 나무 밑동의 직경을 기준으로 일정 금액을 지급했으나, 개선안은 근원 직경 기준 금액의 상한액을 설정하고 한도 내에서 실제 비용을 지급하는 것으로 변경했다