농촌진흥청은 밤낮의 온도차가 심한 봄철에 버섯 생산에 큰 피해를 주는 병해를 최소화 할 수 있는 버섯 안정생산 관리요령을 제시했다. 
일교차가 심한 봄철에는 해가 진 후 재배사의 온도가 낮아지는 반면 습도는 증가하면서 저녁 9시 이후에는 100%에 도달해 버섯에 물방울이 형성돼 병원균이 발생하기 좋은 조건이 된다.
버섯에 많이 발생하는 곰팡이병과 세균성병은 재배사 안팎의 온도 편차가 심해 버섯 자실체와 균상 표면에 물방울이나 이슬이 맺히는 부적합한 생육 환경에서 많이 발생한다.

이들 병해 중 세균갈색무늬병과 푸른곰팡이병이 가장 문제가 된다. 이 병은 재배 중 감염되어 균사의 생육을 억제하거나 죽게 하고 생육 중인 버섯에 갈색점무늬, 무름 증상 등을 일으켜 품질 저하는 물론 심할 경우 30% 이상의 생산량 감소로 이어진다.
세균갈색무늬병은 버섯 자실체 표면에 진갈색의 불규칙한 큰 병반이 생기고 심하면 그 부분이 움푹 파이는 증상을 보인다. 푸른곰팡이병은 배지나 종균에서 발생이 시작되고 백색의 균사가 자라면서 푸른색을 띠게 된다. 감염된 버섯의 갓 표면에 넓은 흑갈색의 병반이 형성돼 품질이 저하된다. 

버섯 생육 중 발생하는 병 발생을 막기 위해서는 예방 위주의 방제로 병원균의 밀도를 최소화하고 버섯이 건강하게 자랄 수 있는 환경을 유지해줘야 한다. 
배지의 살균과 발효를 철저히 하고 병원균을 전파하는 버섯파리와 응애는 포식성응애나 끈끈이 트랩을 이용해 방제한다. 또한 병원균은 재배사 주변의 먼지, 오염된 배지재료, 저수용 물탱크 등에 존재하기에 작업자의 손, 작업도구, 관수에 사용되는 물 등을 깨끗하게 관리한다.